こんばんは。
ヤマレコの参考計画のオンライン提出をいつも使用していますので、ご参考までに・・・。

１．計画書の印刷物はもちろん持参しますが、現地での提出の必要はないのでしょうか？（ちょっと次項の点の不安があるので迷っています）
→現地で提出しなくても大丈夫なのでしょうが、私の場合は登山ポストがあればいつも投函するようにしています。計画書は万が一の際の命綱になるものですから、1つよりも2つあったほうが良いと考えるためです。

２．各県警（私の場合は東京、神奈川、山梨、埼玉、長野、富山だけです）には具体的にどのように送信されるのでしょうか？（県警毎に受付方法が異なるようです）
→送信はメールでされていると思います。ヤマレコで入力・作成した内容が電子メール化されて、送信されているのではないでしょうか。自分のメールアドレスを登録しておくと、そのアドレスにも届きますから。

３．県をまたがった行程の場合、紙同様に登山口の県警宛に送られるのでしょうか？
→ヤマレコで送信されるのは、選択した県警のみでしょう。ですので、複数の県警の管轄区域に跨るのであれば、それに応じた複数の提出が必要となります。

４．各県警との協定のようなものはあるのでしょうか？
→ヤマレコと県警との協定、ということであれば、そういうのがあることは聞いたことがありません。無論、私も貴方と同様のユーザーの一人ですので、その中で聞いた範囲では、ですが。ただし、基本的にヤマレコからオンライン提出できるのはメールで登山届または登山計画書などの提出を受け付けている警察です。したがって、協定のもとにオンライン提出ができているわけではなく、メール受付を行っている警察へ、入力した内容がメール化されて送られているだけに過ぎません。

５．「コンパス」を推奨している県警もあるようですが、「コンパス」との関係はあるのでしょうか？
→コンパスは公益社団法人日本山岳ガイド協会による情報ネットワークサイトですが、日本山岳ガイド協会など安全登山の普及啓発に関わる立場であれば警察等と連携することもあるはずです。したがって、県警がコンパスを推奨するのは自然なことだと思いますし、県警どころか、内閣府のHPでもコンパスの利用を勧めているようです。ヤマレコ管理者に対しては失礼な物言いになるかもしれませんが、ヤマレコはそういった成り立ちでできたものではありません（行政組織との連携がない？）ので、コンパスとは立場が異なっているのだと思います。ただし、コンパスのHPのバナーを見るとヤマレコがありますので、相互リンクという関係にはあると思います。