信仰で大峯奥駆を良く歩いています。
ご質問に対しては他の回答者の方から適切極まる回答がありますので、私は経験上感じている留意点を列挙しておきます（当然、異論もあると思いますので、あくまでご参考として…）。

・夜間行動…もっとも整備が行き届いている山上ヶ岳近辺でも、やめたほうが良いです。ましてやその他の区間は、推して知るべし、です。可能であれば、いざというときに道端で夜明けを待てる程度の緊急ビバーク装備を。私は雨具を兼ねて「野営覆い」という、ポンチョを大きく丈夫にしたようなものを携行しています。

・飲料水について…地図やガイドブックにある水場は、はっきり言ってアテになりません。仮に他人の最新の体験情報を得ても、水場が使えるかどうかは日替わり、時間替わりで状況が変わります。水場で給水できなくても危機に陥らないような計画と準備をお勧めします。

・ルートについて…行者講の巡礼路を忠実にトレースするのが良いと思います。バリルートは論外。奥駆道は、一歩外れるとたちまち超危険地帯というところが随所にあります。その意味では、地形図や登山地図に加えて、大峯奥駆修行のために書かれた最新情報を必ず調べておくべきと思います。

今年のＧＷに逆峯を歩きました。
逆峯を選んだ主な理由は、アクセスがよさそうだから（前日夜家を出て、翌早朝から歩き始められるから）、逆峯で歩く人の方が多いらしいから、歩き終わってから日本最古といわれる湯の峰温泉に入れるから、歩き終わってから熊野三山の観光ができるから、人が多い北奥駈道から人の少ない南奥駈道への方がなんとなくいいように思われたから、などの理由です。
水場の情報は直近のものを確認した方がいいでしょう。とにかく水場が少なく、水場までの距離もあり、涸れる場合もあるので水の確保が大変です。初日は４Ｌ担ぎました。
南奥駈道は若干迷いやすい個所もあるので、明るい間の歩行がお勧めです。私は暗いうちからヘッドランプで歩いて道迷いで１時間ほどロスしました。

大峯行者の一人です。わかる範囲でお答えします。
順峯（本宮→吉野）でも逆峯（吉野→本宮）でも
どちらでもいいんじゃないでしょうか。
私個人的には、吉野から歩きつづけて最後に熊野の川が
見えた時の感動の方が大きいような気がしますが（笑）

避難小屋を利用しながらの縦走でしたら、
修験教団は避難小屋には泊まりませんから、
行者と同宿になる事はまずないと思います。
ただし、太古の辻より南（南奥駈）地域の避難小屋では
出会う可能性はありますが、もうこの時期はほとんどの寺の奥駈は
終わってるので、出会うとしても個人的に行をしてる人だけじゃないでしょうか。

避難小屋を利用する注意点としては、早めに着いて確保することに尽きると思います。
とくに、小篠宿（山上ヶ岳から約４０分の地点）、深仙宿（釈迦ヶ岳の南）は
定員３〜４名ぐらいが限界です。ウィークデイはあまり人がいませんが
週末に利用する予定だと泊まれない事態もあり得ます。そこを利用する場合、
到着時間もよく考えて計画を立ててください。

次に水に関してですが、重くはなりますが、見つけ次第満タンにしておく方がいいですよ。
確実にたっぷりと確保できるのは小篠宿だけです。他の場所は場合によっては枯れていたり、水量が少なくてペットボトルに汲むのに時間がかかって、その後の予定がずれてきたりします。
弥山小屋では水を買うことができますが、弥山小屋もたまに留守にしてる時があります。
そういうことも考えたうえで一日の行動距離を計画してください。

夜間でも比較的安全に歩ける場所は、よく整備された山上ヶ岳周辺だけです。
よく整備された山上ヶ岳でさえ、毎年滑落死者が出ていますから、基本的には
夜間行動はやめた方がいいと私は思います。
日の出とともに出発、明るいうちに到着して寝床確保。それが安全です。

あとは熊ですね。今年は大普賢岳から行者還岳のあたりで熊の目撃が多いので
気をつけてください。山上ヶ岳でも時々出没していますが、
開山期間（９月２３日まで）でしたら人も多いのであまり心配ないと思います。

いま思いつくのは以上ですが、
何かありましたらお聞きくださいませ。

私も奥駆けを目指しております。
このページが参考になるのではないでしょうか？

順峰用ガイド　http://yahoo.jp/box/OWS81r
逆峰用ガイド　http://yahoo.jp/box/wQgpy4

私はこれを見ながらその日を夢見とります。