こんにちは。　多分・・・と前置きしておきますが・・・
ゴアテックスの靴の特徴は、足の発汗を蒸気として外部に放出させることと、外部からの水分をストップさせることです。
　外部からの浸水をストップ出来ても、蒸気の放出量を上回る発汗があれば、靴の中はビチャビチャとなります。つまり正常品でも靴の中に汗の水分は出来るのです。これは、靴に限らず雨具としてゴアテックスを着用した時にも、内側の服がズブ濡れで、縫い目から雨が侵入したのかと勘違いすることがあります。
　対応策の一つとして、中敷きを使用するとビチャビチャ感を少しは軽減できます。ゴアテックスの効果を高めるためのメンテナンスも大事です。
　また、ハイカットの靴の場合、上部の靴ひもをキツク締めすぎると靴上部（履口）からの蒸気の発散を低下させることになります。スパッツを着用すれば、これもまた蒸気の発散を低下させます。（ゴアテックスのスパッツであれば多少は蒸れにくいのですが。）では、靴上部のひもをユルメにしめて、スパッツを無しにすると靴の中に異物が侵入しやすくなります。
　快適登山のためには、これらの事を踏まえて、どの方法をとるのかだと思います。

以前、登山用品店の店員さんから聞いた話ですが、使用後に毎回ソールを出して中に入ったゴミや砂をきれいに掃除しないと、ゴアに穴が空いちゃうよということでした。なので、毎回掃除してます。
使用頻度や、歩き方も影響してくるかとは思いますが、
ゴアテックスは、保証を手厚くしているようなので、あまりに早く浸水するようでしたらメーカーに相談してみるのも手かもしれませんね。
状態にもよるでしょうが、無償修理してくれたって話も聞いたことがあります。