他のツールであれば・・・

MTK GPS Logger download Utility ってのが使えると思います
http://homepage2.nifty.com/k8/gps/indexj.htm#006

katatumuriさん、こんばんは(^^)

私も HOLUX m-241c を使用しています。同じように、ログが読み取れなくなる事象は、過去に１度ありました。
その時は、そのログはあきらめてログのERASEを行ったところ、その後は問題なくログを読み取れるようになりました。
その事象が起きたときは、過去のログをERASEせずに残したままログを追記していたので、それからは毎回の山歩きの都度、ログデータをパソコンに移したらERASEするようにしています。

あとは、ezTour for Loggerのバージョンが古い場合はアップデートしてみる（最新バージョンは1.03）、m-241cのファームウエアのバージョンが古い場合はアップデートしてみる（最新バージョンは1.11）、ということを試してみる手もあります。

それでもダメなら、一度 ezTour for Logger をアンインストールして再インストールしてみるのも一案かと思います。

他に疑うとしたら、接続しているUSBケーブルの品質に問題がないか、ということくらいかなぁ、と思います。

どうしてもダメなら、この際、もっとよい（カシミール３Ｄなどでも対応している）ロガーを購入してしまうのがよいかもしれません。m-241cはお買い得価格なので私も買いましたが、精度がいまひとつ悪い気がします。

「他のソフトで取り出すことができないか」というご質問への直接の回答になっておらす、恐縮です。

一度ダメ元でカシミールで取り込んでみては？
通信、GPSからダウンロード、すべて、でダウンロードしてみてください。

私は，Macですが，HoudahGPSというフリーウエアが便利です。
HOLUX m241cよりログを取り出したり，変換したりに使えます。
お試し下さい。