皆様、ご回答ありがとうございました。

gpxをダウンロードし、テキストエディタで見たところ、
「<number>2</number>」以下の行が
なぜか、<time>2016-01-01T23:00:00Z</time>が一番上で、<time>2016-01-01T07:00:00Z</time>が一番下にありました。
手書きの時刻設定では　開始時刻→終了時刻　で設定したつもりだったのですが、間違えてたのかもしれません。
で、山行計画のルートのUIで二つ目のルートを削除し、再度、手書きで描き直しましたら、正常に表示されました。

有難うございました。

登録された軌跡の入力方法やGPS、手書き?はどうされたのでしょうか。

疑問に思うのは時間経過が逆になっています。
また、速度がマイナス１．２km/hと一定になっています。
これらは普通データとは違うのでヒントになりそうですが・・・。

厳しいご意見の方もおられるようですが(^^;)、山行計画が見られなくてもgpxファイルはダウンロードできますので、私は山行計画非公開のまま質問されても何らおかしくないと思いますよ。

で、肝心の回答ですが、（あくまで推測にすぎませんが）以下の原因が考えられます。
(A) sako59さんの言われるとおり、国土地理院のデータ（もしくはそのヤマレコ側の使い方）がおかしい。
例えば1/1 7:41の北緯36.049550026753、東経136.77283287048の標高が0mになってしまっています。
こちらで国土地理院が公開しているAPIを試した限りでは、この地点の標高は1530mになっており、いちおう正常にみえます。ただ、ヤマレコがどのようにデータを参照しているかわからないため、これだけではなんともいえません。SRTM標高のグラフはそれなりに表示されますので、これが原因である可能性も高いです。
　
(B) GPXデータの時系列がおかしいため、それが何らかの悪さをしている。
本ルートを作成する際、(1)石徹白の大杉〜別山と(2)別山〜大白川橋を分けて作成したかと思いますが、(2)の時系列が逆になっており、データは別山→大白川橋の順なのに、時系列は大白川橋→別山の順になっています。
これが悪さをしている可能性があります。
例えば「SRTM標高」「GPS標高」の時間/時刻のグラフは一見正常ですが、(1)の分しか表示されていません。これは(2)から時間がおかしくなっているためと推察されます。
（距離のグラフは(2)も含めて正常に表示されますが、これは時系列とは関係なく単純にデータ順に距離を累積しているためでしょう）。

試しに(1)石徹白の大杉〜別山のデータだけ登録してみて、それで正常に表示されれば(B)が原因と考えられます。その場合、石徹白の大杉〜別山〜大白川橋を（時間順になるよう）一度に作成すれば大丈夫だと思います。
(A)が原因だとすると、、、ちょっとどうしようもないですね。
標高が0mになっている場所を、10m以上ずらしてみるというのもありかもしれません（国土地理院のデータは10m四方単位のようですので）。

ちなみに私も試してみようと思ったのですが、なぜかSTRM標高とGPS標高しか選択できず、肝心の「国土地理院 標高」での表示ができなかったため、検証はできませんでした。

---- 追記 ----
長々とすみません。もう１点試して欲しいことがあります。
こちらでも「国土地理院 標高」での表示ができたのですが（どうやらバッチ処理といって後で作成されるデータのようです）、距離のグラフは正常に表示されました（前述の通り(2)の時系列が逆なので、時間/時刻のグラフはおかしいままですが）。
違いとして考えられるのは、地図で作成したものか、それとも「GPXファイルをダウンロード」でダウンロードしたデータを読み込んでいるか。
前者と後者の違いは経緯度の小数点の精度で、前者は小数点11〜12桁、後者は小数点6桁に丸められています。
で、小数点6桁のほうは正常な標高値が返却されています（国土地理院ではなくヤマレコが怪しい）。
（例）
　北緯：36.105254347587　東経:136.76382064819　→ 標高：0m
　北緯：36.105254　東経:136.763821　→ 標高：2319m

ですので、いったん「GPXファイルをダウンロード」をクリックしてGPXファイルをダウンロードし、次に「ルート編集」画面の「GPSログを登録」でそのファイルを上書きで登録してみてください。
こうすれば小数点は丸められますので、当方の環境と同じように正常に表示されるようになるかもしれません。

なお、時間/時刻のグラフを正常に表示させたい場合は、先に述べたように(1)(2)のデータが時系列に並ぶようにルートを作成しておく必要があります。

表示変更でSRTMもしくはGPSに切り替えるとそれらしい表示になりますね。
国土地理院のデータ（もしくはそのヤマレコ側の使い方）が問題なのでは？

その時の衛星の位置や今いる地形によって（ある１つの衛星が水平に近い位置にある、かつその方向に山があって電波が通らないなど）、GPSがきちんと取れない時があります。その時は緯度経度もおかしいことが多いです。あと、スマホのGPS機能が原因になっていることもあるようで、山行中の場合は、スマホを再起動するか、GPS状態を確認するソフトを一旦立ち上げると直ることが多いです。また、緯度経度は正しくても標高だけおかしくなることを私も経験していますが、どういった原因かよく分かりません。その時も同じようにGPS状態確認するアプリを立ち上げたりすると直る場合がよくあります。

それで、山行後のログですが、標高が明らかにおかしくなっている部分を削ります。GPX Editorがオススメです。緯度経度は正しいから標高だけ弄りたいといった場合もあるかもしれませんが、めんどくさいので削っています。多少荒くなりますが。

おかしいところを追記で、手動でやる場合は、おかしい範囲のGPXログをごそっと削った後に、GPXログを使わないやり方で地図上で直接マウス操作でトラックを書き込む方法がヤマレコにあるので、その方法でその部分追記（修正）もできると思います。