亀レスですが，最新版の山旅ロガーGOLD(v5.9)で，別々の場所の記録を1つのGPXファイルにまとめる機能に対応しました．
http://www.chizroid.info/ytlog#TOC--bat

「一括」から1日目の記録と2日目の記録を選んで，ファイル出力を押して，「1つのGPXファイルにまとめる」で出力していただくだけで行けます．

そのGPXファイル(1個)をヤマレコにアップすれば，1日目と2日目で線がつながっていない，山行記録を作れます．

こんばんは。

保存するときに名前を変えて（別名で）も保存できないでしょうか？

一応試しに、こちらで作ってみたファイルを下記に置いておきます。
https://drive.google.com/file/d/0Byw1QQvymIopbGE1Q3ZYQURxeUk/view?usp=sharing

（日付の変わり目でトラックデータを分割、ヤマレコにて不自然な線が出ない事確認）

では！

山旅ロガーの連結機能は1本の線に連結する動作ですので，場所が移動している場合に使うとおかしくなります．

そういう場合ですと，連結せずに日ごとに別々のGPXファイルとして出力して，
ヤマレコの山行記録投稿画面から，全ての日のGPXファイルをアップする，という使い方になると思います．
(GPXファイルをアップするときのヤマレコの画面で「登録済みのログに追記」を選べば，2本以上登録できます)

今の状態からですと，消すというよりは，登録済みのルートを一旦削除して，登録し直す感じになると思います．
ヤマレコの画面上で日ごとに分断するのは，多分ですが，できなさそうな気がします．

こんにちは。
GPSログのファイルは○○.GPXだと思いますが、そのファイルを(windowsなら)ノートパッドで開いて1681行目と1682行目の間（日付を跨ぐところ）に、
</trkseg>
</trk>
<trk>
<trkseg>
を書き込んだらどうなりますか？
手元で試した限りではこれで行けるようです。
具体的には、こんな感じに上記4行を追加します。
<trkpt lat="34.91597" lon="136.36781"><ele>504</ele><time>2016-05-02T08:35:05Z</time></trkpt>
</trkseg>
</trk>
<trk>
<trkseg>
<trkpt lat="34.988922" lon="136.4378"><ele>380</ele><time>2016-05-14T01:33:30Z</time>

では。