明けましておめでとうございます。皆様からご教示いただいた、A-GPSのキャッシュ消去やバッテリーセーブ機能でＧＰＳアプリの除外するなどの設定をし、年末にかけて３回ほど山行をして試したところ、途切れることなくログが採れるようになりました。ありがとうございました。今後ともよろしくお願いいたします

ryochiiさんの二世代前の機種、富士通arrowsM02を所有しています。

arrowsのバッテリーセーブ機能等でGPSアプリを除外する方法でしょうか？
まず、「設定」から「位置情報・ＧＰＳ」を開きます。すると現在のＧＰＳモードが出ています。多分、バッテリー節約となっているはずです。モードには「高精度、バッテリー節約、端末のみ」の三種類ありますから、登山開始前にこれを「高精度」か「端末のみ」に設定変更すれば良いのです。ただし、一度設定すれば良いわけじゃなく、アプリを使う度に再設定してください。特性上、自動的にバッテリー節約モードに移行してしまいますので。

あと、r3d3jpさんの言われる通り、「GPS status&toolbox」という無料アプリをインストールしてみてください。アプリを開いたら左上の「状態」をクリック。中段の「Ａ-ＧＰＳの管理」をクリックし、左の「リセット」を押す。こうすればアプリ管理でキャッシュできないGPSデータのキャッシュ消去ができます。
これでもダメなら機種との相性が悪いと判断し、アプリを削除してください。

　自分は今年の９月からarrowsM0３を使っています。たまたまかも知れませんが『山レコMAP』を使った時に同じ症状が出ました。『山旅ロガー』を２回使用した時はキチンと記録できています。
　別なアプリを使ってみてログが途切れる事無く保存できるか確認しては如何でしょうか。もしかしたらarrowsと山レコMAPの相性？が悪いのかも知れません。後で見た時にログが途中で止まっていた時のショックは結構大きいですよね。自分は今年は山に行かないので来年になったら確認しようと思います。

「GPSアプリを除外する」手順ですが、以下に詳しく記載されています。
http://androidlover.net/android-os/android-m/android-m-how-to-use-doze-mode.html
参考まで。

GPSデータのキャッシュを消去すると直ると思います。GPS status&toolboxをインストール、A-GPSの管理からリセットできるはずです。試してください。

私の場合、TORQUE G03で山旅ロガー、ヤマレコ、YAMAP、山と高原地図、ジオグラフィカ、の順に使用し何れも30分から1時間30分でデータ取得停止、アプリを終了させなければ再度のデータ取得が不可能でした。
GPS衛星からの電波を受信できていないと考え、GPS statusを導入しデータ取得を停止した位置での受信状況をたしかめた次第です。このアプリで問題なく受信できているのになぜ途切れるのか疑問は深まる一方でスマホを初期化しようとも思いました。
アプリの省電力設定、電池使用の最適化などネットの検索で出てきていたので一通り確認しましたがそれらの設定は自分では何もしていないので「除外」する必要も無いものでした。
A-GPSのリセットは山行中ほとんど機内モードなので関係ないだろと思いつつ行いましたがこれにより全ての上記のロガーが問題なく動作しております。
TORQUE G01からの買い換えから3ヶ月を要しましたがいい勉強になりました。

当方、docomo sony Xperia Z5 compact SO-02H で
GPSアプリ「ヤマレコMAP」と「山と高原」を使用しましたが、
いづれもログが中断する症状が続き、困っていました。
docomo、sony、ヤマレコ、山と高原、に相談しましたが、
私の場合はスマホとGPSアプリの相性が悪いのだと諦めました。
https://www.yamareco.com/modules/diary/68759-detail-135670

ryochiiさんの場合は、
まず、arrowsM04のバッテリーセーブ機能等でGPSアプリを除外する、
ことをお勧めいたします。

■追記
私の場合は、sonyに問い合わせたところ docomo に相談する様にとの回答でした。
docomo に相談したところアプリ製造元に相談する様にとの回答でした。
アプリ（ヤマレコMAP，山と高原地図）製造元に相談したところ
上記URL（日記）の回答でした。
富士通arrowsM04について当方詳細分かりかねますので
申し訳ございませんが具体的なアドバイスはできません。
アプリ製造元に相談されるのが良いと思います。