woodstove922さんこんにちは。
ヤマプラではロープウェイが登山道(赤紫のライン)扱いになっていないので選択することができません。
谷川岳ロープウェイの駐車場まで車で行くならロープウェイ山頂側の天神平駅をスタート地点に設定する方法が良いと思います。
土合駅まで電車で行きロープウェイの土合口駅まで歩いて、ロープウェイに乗り天神平駅から再び歩くとなると土合駅〜土合口駅と天神平駅〜谷川岳の2つのルートをヤマプラで設定するのは難しいと思います。
(どうしてもというのであればロープウェイの下にある田尻尾根ルートを選択するという方法もありますが距離やコースタイムはずれてしまいますね。)
また登山道があるのに別のルートが選ばれてしまうときは通りたいルートをクリックするとそのルートを選ぶことができます。
分かりにくい回答かもしれませんがお役に立つといいのですが。