ゴールまでの軌跡をなんとかしたいということと推察します。
　どうしても作りたい場合(私ならば)、ヤマレコの登山計画作成で昔 GPX ファイル(軌跡ファイル) が作れたので、その機能を使って、再開時刻、ゴールの時刻の情報をもとに、欠けがある軌跡ファイルと結合できないか、試してみるように思えます。(私の大昔の活動ログはそれで作ったものがあります)。
　ただ、時刻をちゃんと調整しなければならないとか、複数の GPX ファイルを結合させるにはどうしたらいいんだ？という問題があり、実現するのは難しいような気もしています。

＞山旅ロガーでは出来たけど、出来ますか？
とのことですが、「出来ますか？」とはヤマレコアプリのことですか？
もしそうなら、できないと思います。

山旅ロガーではできたとのことですが。
山旅ロガー（ゴールド）の一時停止は5分、10分、30分、あるいはカスタマイズから使用できる値を入力して選択するので、選択した停止時間をすぎると、自動的にログ取りを再開します。なので山旅ロガーでは出来たのでは、と推測します。

アンドロイドスマホのヤマレコアプリでは手動で再開ボタンをタップしない限り一時停止は解除されないので、ログは一時停止するまでのデータしかないと思います。

ちなみに私は操作ミスのリスクを考えてヤマレコアプリでは休憩中に一時停止はしません。一時停止するのは、泊まりの山行で宿泊地についたときです。