質問が解決しましたので私自身で回答しておきます。
まだ暫定的な速報ですので間違っている可能性はあります。
基本的にtatsucaさんの手順です。

使う道具は、画像処理でホームページビルダーのウェブアートデザイナーと、ウィンドウズのアクセサリであるペイントです。

１．スイス地図をPCのPrintScreenでハードコピーします。
２．ウェブアートデザイナーでその画像を切断したりつなげたりします。
３．もとのスイス地図の左のプルダウンメニューでWGS84を選択して、その画像の左上と右下の緯度経度をメモします。これを間違うと致命的な失敗になります。
４．つなげた地図画像をPNGで保存します。（JPEGでもよいようです。）
５．WindowsのペイントでPNG画像を開き、ビットマップ形式で保存します。
６．カシミール３Dで、ファイル→開く→形式を指定した地図→ビットマップ地図で開くと、
７．左上および右下の緯度経度を入力します。これで普通のカシミールの地図になります。
８．編集→選択範囲を決める、そのあとツールのマップカッターで切断します。

以上。

実際にログを入力してみましたがルートは合っていました。

時間があればヤマノートに記載しようと思います。
間違っていたり、ほかにも良い方法があれば教えてください。

tatsucaさん、wanakuraさん、ありがとうございました。
とくにtatsucaさんは画像で手順を示していただいてありがとうございました。
追記：tatsucaさんのマップカッターの画像に私の名前をファイル名にしていただいてありがとうございました。クスっと笑えました(^^)

さらに追記：いきおいでヤマノートにしてみました。
http://www.yamareco.com/modules/yamanote/detail.php?nid=763

和名倉山の住人です。
少々情報が古いですが、コミュニティにUploadしましたので、そちらもご覧ください。
http://www.yamareco.com/modules/xsns/?p=topic&tid=553

御恐れながら、
回答が付かないようなので、ワタクシ自身、実用では使ったことがありませんが、ご参考まで回答させていたただきます。ご質問の主旨の勘違い、それは分かっている、などあるやも知れませんが、その節はご容赦ください。

結論から言うと、
限られた範囲ではカシミール３Dのマップカッターを工夫して地図を切断できるように思います。
また、「swisstopoのスイスの地図をカシミール３Dで使えるか」については、できないような気がしますが、今回は「使えないという証明」は出来ませんでした。
【マップカッターで地図を切断する考え方】
カシミールではbmp, jpgに緯度経度情報を付加することにより新規の地図として開くことが出来るようです。この機能を利用して、一旦切り出したい範囲を含むswisstopo地図を画面コピー(Prtsc, Win7ならSnipping Toolも可)でjpgとして保存し、これをカシミールで呼びだす際に緯度・経度を与えて地図として開き、マップカッタを利用するという考え方です。
【手順】
１．http://map.revision.admin.ch/?lang=en
から切り出したい部分を画面表示し、jpgとして画面コピ−保存します。
http://i.imgur.com/kwIhNr0.jpg
２. カシミールでbmp, jpgを地図として開くとき左上と右下の経度緯度を聞いてきますので、予め座標を調べておく必要があります。私は今回以下を使ってみました。
http://jsgt.org/ajax/newmon/samples/chapter03/03-31/getlatlon44.htm
３．カシミールで新たな地図として１で保存したjpgを開きますが、経度緯度は、##.#####などのデータ形式を選択して入力するのが簡単なようです。
http://i.imgur.com/LSw5h5L.jpg
http://i.imgur.com/KsHseeY.jpg
４．一旦開ければ通常のマップカッターで切り出せると思います。
http://i.imgur.com/rKz7FCG.jpg
以上

補足: 先にも書きましたが、私自身は、日本の外のものは、カシミールはあきらめてGarminBaseCampを利用していますので、この方法は実際のハイクで使ったことはありません。さらに座標系などまったく素人なので、大勘違い、間違えなどありそうな気もしていますが、ご連絡いただければ可能な範囲で追試、検証させていただきます。(やっぱ無理かな?)