積算値がおかしくなるのは、「ひとつ戻る」を使用してルートを再作成した場合ではないでしょうか。
私の環境でも、この操作を行うと100%発生します。
【例】
　(1)開始地点で「名郷」を選択
　(2)次に「天狗岩」を選択
　　→ 合計欄に「1時間15分 / 2.4km」と表示される
　(3)「ひとつ戻る」をクリック
　　→ 見た目は(1)後の画面と同様になり、合計欄も「0時間0分 / 0.0km」となる
　(4)再び「天狗岩」を選択
　　→ 合計欄に「2時間30分 / 4.7km」と表示される

どうやら「ひとつ戻る」を使用した場合、最後にクリアした区間のデータが初期化されずに残ってしまうようです。
（このような素晴らしい機能を無料で提供してもらっているのであまり言いたくないのですが、たぶんバグなのでしょうね）
ルートを再作成する場合は「このルートを削除」で一から作り直すか、もしくは自分で積算したほうがいいかもしれません。