gosomasakiさん、こんにちは

回答として適切かどうか・・・
ヤOケイオンラインの同様のサービスであるヤOタイムは平の渡し船に対応しています。
ヤOタイムからダウンロードしたGPXファイルをヤマレコにアップロード、
行程をコピペする事は可能です。

ただし、針ノ木谷がCT設定されたルートとして登録されていません
また、CTがヤマプラと微妙に異なります。

現状、どちらも一長一短ですので、
kimidoriさんの仰るようにヤマレコで改善要求出すのが良い気がしますね。

昨年私も、その問題に突き当たりました。迂回したとんでもないルート設定になって驚きました。
結局その時は、ヤマプラを使うのを諦め、通常の入力にしました。ひじょーに残念でした。

私の思うところ、たぶんヤマプラでは、渡し船はサポートされていないのでは無いかと思いました。
　それを出来るようにするには、ページの一番上のサポート掲示版にて、改善要求を出しておきましょう。