コースタイムには山行、休憩、合計の三項目あります。

山行は歩行時間です。所要時間の合計です。
合計はゴール時刻からスタート時刻を引いた時間です。
休憩は合計から所要時間の合計を引いた時間です。

休憩時間は特にカウントされていません。計算により算出されています。

「通過点の地名」がある所で10分休憩すれば、休憩10分として計算されますが、「通過点の地名」がない所で10分休憩をしても休憩とはカウントされません。
↑たぶん、この部分が、自分の感覚とずれる所だと思ういます。


例えばzvn06025さんの吾妻山のレコですと

記録されている休憩時間などを考慮して判断しますと、スタート地点から復路の梵天岩まではほぼ標準コースタイム通りですが、梵天岩からゴール地点までが20分ほど多くかかっています。

復路の梵天岩からゴールまでは、ヤマレコのシステムでは、大凹の水場とリフト頂上しか「通過点の地名」がないのでそこで休憩しないと休憩とはなりません。恐らく、復路の梵天岩からゴールまでのあいだで、大凹の水場とリフト頂上以外の場所で20分ほどの休憩をされたのではないでしょうか？

その地点での20分の休憩を入れたいのであれば、
山行記録の作成 - 4コースタイム・感想 - 編集で上に追加で、その休憩地を追加すれば大丈夫です。