iOSならField Access2はどうでしょうか。
ピンを立てることも簡単ですし、アプリ内で写真を撮る機能があって
地図上で分かるだけでなく、どちらを向いて撮影したかも分かります。

地点登録と言う方法もありますよ。
地点登録、マーカー追加などアプリで名称は違っても、
手動で任意の位置に情報を入力して保存します。

アイコンが何種類もあるので分岐や水場や鎖場など分けて、
名前を付けてコメントも書き込んで保存する事が可能です。
この機能はほとんどのアプリにあります。

地点登録はログを記録中であろうがなかろうが関係ありません。
アプリを起動して登録して強制終了すれば電池も節約できます。

回答になるかどうか不明ですが、単に『写真を撮る』という方法はいかがでしょうか。

IPhoneで撮影した写真には、データ形式ExifでＧＰＳ位置情報が記録されるはずです。
撮影した写真をたとえば、『写真情報ビューア - Exif Viewer 』などのソフトで見れば情報が確認できるかもしれません。

ただし、 iPhoneでは、[設定]/[プライバシー]/[位置情報サービス]からカメラにたいしてジオタグの記録許可を設定する必要があり、設定すると全ての写真に位置データが記録されるため、ソーシャルネットワーキングサービス経由でのプライバシー情報流出（撮影場所が分かってしまう）に注意が必要となります。

おそらく、カシミール３Ｄなどにポイントが簡単に表示できる方法をご希望なのだと想像します。試していませんが、単に写真をカシミール３Ｄにドロップすれば表示される可能性はあります。

ちなみに全て試したことが無いので、実際上手くいくかは不明です。
ご参考になれば幸いです。

自分はAndroidのヤマレコMAPを使用しているのですが、
iPhone版も動作は同じかと思うので次のような使い方ではどうでしょうか。
他のアプリでも同じような事ができるかと思います。

1.あらかじめ地図をダウンロード、設定で位置情報の精度を調整する。
2.「登山開始」後すぐ、GPSログの取得を停止でなく静止ボタンで停止する。
　またiPhoneのプライバシー＞位置情報の取得をOFF
　ヤマレコMAPが位置情報を取得していなくても、
　ほかのアプリが本体のGPSを使用していることがあるため。
3. 記録したい地点に来たら、iPhoneのプライバシー＞位置情報の取得をON
GPSログの取得を再開。
4. 記録が済んだらまたGPSログの取得を停止し、
　 本体の位置情報の取得をOFF

こういう記録から登山記録を作成すると、下記のように分割してルートが登録されます。

登録済みのルート
ルート1 - 2018年03月04日 10:14 [編集]
ルート2 - 2018年03月04日 10:34 [編集]
ルート3 - 2018年03月04日 10:37 [編集]

GPSログとしては一つに結合されてしまうので、地図上の線が途切れた形になります。