真っ先に疑うのは「ＧＰＳログが途切れる場合の対策」の設定が実施されているかどうかです。
https://sites.google.com/site/yamarecomapandroid/help/keep_gps_logging

　なお、この設定は、ヤマップでもヤマレコＭＡＰでも、その他の地図アプリでも同じです。
　質問内容が具体的ではないことから、大変失礼ですが、この設定がされていないのではないかと思われます。
　
　設定しても、同じようにＧＰＳログが採れないのであれば、質問内容を具体的にする必要があります。
　１．地図アプリはヤマレコＭＡＰのことなのでしょうか？
　２．どのような操作をしているのでしょうか？
　３．どのような結果になっているのでしょうか？
　４．ヤマップではＧＰＳログが採れているとのことですが、設定は同じでしょうか？