こんにちは
いくつか方法があると思いますが、まず簡単な方法をお知らせします。
1.　追加分の開始時刻と終了時刻がほぼ正確に入っている場合、通常のやり方でヤマレコにアップロードします。保存が完了したら、
２．実際のGPSを同じ手順でアップロードします。この際、上書きしないで、追加する、必要があります。
以上です。　
GPSは2つ登録されますが、レコでは一つのGPSとして表示されます。

もし、この方法でも追加分が後ろに追加されるようであれば、開始時刻を直す必要があると思います。方法は、
「ルート作成」を選択して、追加分の「編集」を選ぶと画面左上に「時刻設定」ボタンが出ますので、以下、画面の指示に従って試行錯誤するとなんとかなると思われます。

いかにも大雑把な説明ですので、途中で道迷いするようでしたら追加でご質問ください。わかる範囲ですが、ご協力できればと思います。^^;)