sarushippoさん、こんにちは

はい、上限は３ＭＢまでとなっています。

下記の「使い方ガイド」ページの一番下の通り、
登録するＧＰＸファイルを選択する『参照』ボタンの横に書いてあります。
http://www.yamareco.com/modules/pico/index.php?content_id=9

おそらくポイントを記録する時間設定が細かすぎるためだと思いますが、
登録する際の「ファイル選択：」の上に
『データの間引き：』で間引くこともできますので、そちらで間引いてみてください。

ちなみに私は１５秒間隔でログを記録する設定でＧＰＳロガーを使っています。
実際に１５秒でどれだけ歩けるのかと、ＧＰＳ測位の誤差を合わせて考えると、
これでも長いかもしれませんね (^^ゞ