標高はその地点のジオイドからの高さです。ジオイドは地球の中心からの球面（楕円面）に対して凸凹してます。地殻の厚さに大きく依存すると思いますがその他の要因もあります。私の頃には高校1年生の地学で重力異常などの用語とともにジオイドを学習します。油壷の平均海水面から重力を測定しながら水準原点に基準を定めて、各地にやはり重力を測定しながら標高を計っていくのも学習したと思います。ジオイド情報を持たないGPSでは標高を求めることができません。

40年ほど前に立山雄山で国土地理院の測量チームを見たことがあります。岩場のテント内の50cmほどの三脚の上に測量装置が乗っているのがチラッと見えました。雑誌名は思いだせないのですが何日間も粘って空気の澄んだ時にレーザー光で計測する測量士の記事を見たことがあります。45年ほど前に丹沢山に高さ10ｍほどのやぐらがありました。国土地理院の計測用と聞いたような記憶があります。

KIROKIROさん、こんばんわ。初めまして。
既にBombersさんとjuqchoさんが回答されていますが、山の高さに関して、お遊びをしてみました。

小生の日記が参考になれば幸いです。
https://www.yamareco.com/modules/diary/170425-detail-238352

KIROKIROさん、こんにちは

juqchoさんが添付しているので理由はそちらで
その基準となる日本水準原点が会社の近くにあります。
でも近いのに一度も行ったことがないけど
0m地点は三浦半島の三崎のようです。

https://www.gsi.go.jp/sokuchikijun/suijun-base.html

地震で何度も変動しているようで、
改めて知りました。（自分自身も勉強になった）

こんにちは。質問の一部への回答にしかなっていないかもしれませんが、こちらはいかがでしょう。国土地理院のホームページですが、すでにご覧になっていたらスルーして下さい。

https://www.gsi.go.jp/common/000208440.pdf