花の百名山に対して詳しいわけではありませんが、書籍は手元にありますので私の考えを回答させていただきます。

田中澄江さんの著書「花の百名山」では「高峯山」ではなく「高峰山」と書かれていますので、ヤマレコの登録地点名が「高峯山」となっているのはむしろ逆で変ですね。標高については「峠が一九六八メートル。わずか百二十三メートルの標高差で、大きな露岩が積み重なった頂上にたつことができる。」と書かれているので、もしかするとその記述に合わせて標高2091m地点をわざと登録してあるのかもしれません。が、山頂の地点登録としてはおかしいと思います。

ただし、国土地理院地図の表記が「高峯山」、花の百名山・信州ふるさと120山・小諸市が設置した山頂標識の表記が「高峰山」と異なっているため、どちらの山名でも検索ひっかかるようにヤマレコ運営側があえて2ヶ所で山頂登録している可能性があります。あまりスマートな方法ではないので、別名でも検索結果に出てくるようにすることで解決して欲しいな、と個人的には思ってます。

ぜひヤマレコ運営さんに問い合わせてみてください。そして今まで別にしていた経緯などが分かれば、こちらで教えてもらえると嬉しいです。