surely-kさん、こんばんは。

ログが途切れたのはＧＰＳのロストではなく電源の省エネ設定ではないでしょうか。ロストしても間が飛ぶだけだと思います。今一度、スマホのアプリ設定をご確認下さい。

手動ルートを入れたのは大丈夫で、削除が上手く行っていないようですね。スマホアプリの操作は分かりませんが、ＰＣ（Ｗｅｂサイト）でルートタブだと恐らく３つのルートが入っているので不要なものを消すだけです。

なお、ここはユーザ同士のヘルプのための質問箱です。（運営へはサポート掲示板）
返事（回答）があるかどうかは定かではありませんが、丁寧に書けば誰か応えてくれると思います。iPhoneかAndroidか、編集はアプリかPCか等を出来るだけ書いた方が、回答も外さなくなると思います。（アプリでのルート編集は使っていないので私にはわかりません）

初めまして。

ヤマレコの運営者では無いので、確かな事は判りませんが、GPS衛星の電波が、山や尾根でさえぎられる谷や沢沿いで途切れたと、私は思います。

スマホのアプリは、別のシステムを利用していますが、登山口が谷沿いの場合、GPSを捉える地点まで記録されない状態になります。