カシミール3Dでの標高の設定は「編集(E)」「GPSデータ編集…」で開くGPSデータエディタ画面でトラックで入力したKMLのトラックを選択し、「編集(E)」「標高値の置き換え(A)」
でやっておられるかと思いますが、その変換設定で「次の値に置き換える」の所がチェックさていて、値が-9999になっているのが標高が置き換わらない原因かも知れません。

また、カシミール3Dでは標高は設定できますが、時刻はカシミール3Dの現在時間が入るのみで、これを編集する機能はありません。
それで、こんなツール作ってヤマノートに上げています。
「GPXログエディタ」
https://www.yamareco.com/modules/yamanote/detail.php?nid=3089
なお、このツールではKMLも読込め、標高の置き換えもできます。

*.kmlには場所と時刻のデータしかありません。
標高を得られるソフトで開けば解決します。

Googleマップから*.kmlを取得する。
*.kmlをカシミール3Dで開く。
（これで時刻・標高データーは得られます）
開いた*.kmlを*.gpxに変換して保存する。
この*.gpxをヤマレコで山行記録アップする。
これで時間・標高のデータが得られます。

https://www.kashmir3d.com/kash/kashget.html

一番簡単なのはテキストファイルとしてkmlやgpxを開くことです。
何がどのように記録されてるのか一目瞭然です。

ヤマレコアプリのgpx
<trkpt lat="36.6404371" lon="139.8346193"><ele>196</ele><time>2022-04-27T21:29:01Z</time></trkpt>

Googleマップのkml
<Placemark><name>道の駅 いたの</name><address>〒779-0102 徳島県板野郡板野町川端中手崎 39番地5</address><ExtendedData><Data name="email"><value>ひみつ</value></Data><Data name="Category"><value>サービスエリア / パーキング エリア</value></Data><Data name="Distance"><value>0</value></Data></ExtendedData><description> サービスエリア / パーキング エリア from 2022-04-17T10:49:53.215Z to 2022-04-17T20:36:14.270Z. Distance 0m </description><Point><coordinates>134.47387559999999,34.1365054,0</coordinates></Point><TimeSpan><begin>2022-04-17T10:49:53.215Z</begin><end>2022-04-17T20:36:14.270Z</end></TimeSpan></Placemark>

カシミールでgpxに変換して保存後
<trkpt lat="34.067507" lon="134.146681">
<ele>0.000000</ele>
<time>2022-06-03T02:57:04Z</time>
</trkpt>

ＧＰ-102のログを見れば答えです。
推測ですが場所と時刻データはあり標高のデータはない。
標高データのあるマップに場所を置き標高を取得する。