あくまで予想ですが標高に関してスント９baroはGPSの高度に加え気圧高度計での標高も記録してる可能性があります。
なのでヤマレコ側はGPSの高度を、スント側は気圧高度計の数値を参照しているためずれているように見えているのかもしれません。
GPSにせよ気圧高度計にせよ50ｍ前後以上の誤差が出るのが普通なのであくまで参考値くらいにしておくのがいいのではないでしょうか。

ternstakkさん、こんにちは。
自分もスントでログ取ってヤマレコに登録してます。
あまり気にもしてなかったですが、改めて見てみたら違ってますね。
おそらく使っている地図の違いではないでしょうか。
ヤマレコは地理院地図を元にしています。スントはゼンリン地図みたいです。
ゼンリンもベースは地理院の地図ですが、スントに表示される地図は少し大雑把なように見えます。
小さな谷や尾根の地形が省略されてる感じなので、そういう違いで値にも違いが出てくるんでしょう。
また、計算式に違いがあるのなら、数値の違いにも現れるでしょう。
ですからユーザー側で対処することはほぼ出来ないかと思います。
やれるとすれば、ヤマレコに登録する時ログのポイント数を減らせば、少しは両者が近づくかもしれません。