自分の場合、宿泊場所に到着した時点で一時停止をし、翌朝出発の際に「再開」を押して山行をスタートします。もちろん一つの山行記録として記録されます。

一時停止をせずにそのまま記録し続けても、その周辺から大きく動かない限り宿泊場所での「休憩」のような感じになり、端末のログは取り続けるようです（その分バッテリーは消費します）。

一日目に終了を押して翌日に新しいログを取り始めると、同じ山行として記録したい場合には一日目のログとニ日目のログを繋げて一つの山行記録とする作業が待っています。

上記全て経験していますが、「一時停止」が最も楽で省力的に思います。