スカイツリーよりも低い山でも、私の守備範囲の札幌近郊（というより市内）なら藻岩山531、円山225など“名山”といっていい山も多いですし、知られざる“名山”もありますが、全国的な“名山”ということにはならないのでしょうね（手稲山さえ、開発されすぎているせいか三百名山にさえ入っていない）。
自分が本州で登ったスカイツリーよりも低い山を調べてみたら、ほとんどありませんでした。関東では高尾山の他、官の倉山とか日和田山とか、連れて行かれた山ばかり。
その中で、自分から登った山が一つだけ。
大阪と奈良の県境の二上山517。
http://www.yamareco.com/modules/yamainfo/ptinfo.php?ptid=417
頂上付近に大津皇子の墓といわれるものがあり、麓には当麻寺や竹内街道がある歴史の山で、地元ではよく知られているとは思いますが、一応“名山”と呼べるのではないでしょうか。中学の時に当麻寺の宿坊に泊まって登りたかったのですが実現できず、30年後に登りました。

yoneyamaさんの山を知らずにすみませんでした。いい訳をすると、興味の対象外のエアポケットのような山域があるもので、東日本の二百名山でも姫神山など、割と最近まで知りませんでした。

そういえば、山溪か何かに連載していた小林泰彦の「日本百低山」というのがありますが、あれは1500m以下で、割と有名な山が多そうですね。

レンさんこんにちは
ヤマレコの使い方を探求する面白い質問でしたね。タワーより低いけど、多摩の高尾山599、函館山334なんかは名山だとおもうなあ。
ケンさんは米山を知らなかったのですか！米どころ新潟柏崎の名峰中の名峰ですよ。春、海沿いの汽車で米山駅に停まると、車窓から秀麗な米山の姿が。まだ登った事無いのですが、美しい格好の山です。レンさんの歌った歌は、お年寄りしか知らないかも・・・。
http://www.youtube.com/watch?v=32lSo6LA2pI
よねやま

kennさん、ありがとうございます。その通りデスネ、マイページからでなくてもアクセス可能です。
近畿地方ですが、歴史に関係する山は少ないのです。比叡山、正確には大比叡というのですが、三角点があるだけで、全く展望なしです。根本中堂に入らないと行けないので５００円かかります。葛城山は確か、役の行者に関わる山です。特に大和葛城山は。役の行者は大峰奥駆路の先駆者で有名？３００名山となると、各都道府県への配慮もあるのではないでしょうかしょうか。標高だけだと、長野、岐阜、山梨に集中してしまいますから。

相仲さん、こんにちは
前の方が書かれていますが、マイページから行かなくても、山のデータのページの下に100名山、200名山（実際は200-100）、300名山（実際は300-200）のリンクがあり、そこから一覧リストのページに行って、標高の欄の横の三角印をクリックすると、標高順に並べ替えられます（高い順にも低い順にも）。
百名山で一番低いのはご想像通り筑波山（877m）ですが、開聞岳（鹿児島県・924m）も千メートル以下です。
非百名山の二百名山に千メートル以下の山はなく、最低標高の山は樽前山（北海道・1041m）です。
三百名山となると、千メートル以下の山がさらに7山あり、比叡山（滋賀/京都・848m）のみが800m台で、残りは900m台。低い順から、竜門岳（奈良・904m）、愛宕山（京都・924m）、六甲山（兵庫・931m）、医王山（石川/富山・939m）、大和葛城山（奈良/大阪・959m）、米山（新潟・993m）となっています。
圧倒的に近畿地方が多いですね。近畿は歴史が古いのに、全体的に標高が低めだからでしょうか。他の地方にも低くていい山はあるはずだと思いますが、近畿などよりは人口も少ないので、それほどポピュラーではないということなのでしょうかね。
寡聞にして米山という山は知りませんでした。

またmikuniです。マイページからご自分のHP,
そしてランキングのタブ。下に山リストが表示されます。１００名山をクリック、上に一覧表のリンクが表示されます。クリックすれば一覧表のページに移動し、標高が表示されます。また、記録のページに移動できます。２００，３００も同様です。

もっと詳しい方から回答があると思いますが、マイページ、からランキングのタブに入ると、下に１００名山、２００，３００がでてきます。１００名山で最も標高の低いのは、確か筑波山ではないかと。ざっくり見る限り、筑波山だけが標高１０００以下ではないでしょうか。ルートはヤマレコ山行記録で筑波山で検索すればヒットするはずです。スミマセン、私は登っていませんからルート詳しくありません。２００，３００を見ましたが、他府県の山の標高はわからないです。これはグーグルかヤフーで検索した方が早く分かるでしょう、多分一覧表みたいなものがあるはずです。