1121年に新羅三郎義光が祈願所として建立したが、一時荒廃し、1262年に南宋から渡来した僧、蘭渓道隆よって禅刹として再興した。1565年、信玄の嫡子義信は、謀反の疑いで当寺に幽閉されたのち切腹させられ、当寺に葬られた。
唐風の仏殿（薬師堂）は室町時代の建築とされ、低い基壇、竿縁の天井、裳階の角柱、窓、引き戸などに中国大陸の建築が日本化する過程を留めており、国指定重要文化財になっている。本尊の木造薬師如来坐像、木造薬師十二神将立像、蘭渓道隆書簡は山梨県指定文化財である。蘭渓道隆の築庭と推定される池泉式の東光寺庭園は、山麓の傾斜地を利用した上下二段からなり、緩やかな斜面に石組みが全庭の八割を占める景観は力強さがあり、山梨県名勝に指定されている。