ふと、ルート編集でやればいいのでは思いつきました。
自分の場合は、バス等でワープする場合、一回、ガーミンを切ります。
だから、そもそも、嵐山と石老山のルートのデータが2つに分れていたのでした。
ルートデータを見ると、後に登った石老山のトラックデータがワープを起こしていたので、後はルート編集でワープを起こしてる部分を「これより前を削除」ですれば、ヤマレコの赤線は、綺麗に修正されました。
こんな単純な事に気がつかず、なんかお騒がせしてしまい、申し訳ありませんでした

トラックデータがひとつの場合はコメント頂いたように先ずファイルを分けるしかないのでしょうね
