川や海などを回遊し、1年で生涯を終える魚。石についた藻類を食べるため、そのような環境のある河川に生息。低温で流れの早い水質を好む。縄張り意識が強く、縄張りに入ってきた他のアユに体当たりをして攻撃する性質があり、それを利用した友釣りという釣法が有名。各地で禁漁期が決められており、多くの河川で解禁は6〜9月。成魚は主に中流域に住む。稚魚は孵化した後、川を下って海で冬を越す。春になって水温が上がると遡上を開始し、夏の間に急速に成長する。成熟すると8〜12月にかけて下流域へ降り、その後浅瀬で産卵を済ませて1年という短い寿命を終える。
漢字の「鮎」は、中国では「ナマズ」を指し、アユを意味するのは日本独自のものである。因みに、中国語でアユは「香魚」と表記するのが一般的。アユにはスイカやキュウリに似た独特の香りがある。